重大、复杂行政处罚案件的决定程序，行政处罚法作出有别于一般案件的规定，目的是为确保行政处罚决定的正确、有效。行政处罚法规定，对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，行政机关的负责人应当集体讨论决定。
重大、复杂行政处罚案件的决定程序，除按一般案件决定程序办理以外，增加规定了由行政机关的负责人集体讨论决定的程序。对于重大、复杂行政处罚案件的区分，应当从行政机关进行行政执法工作的实际经验出发，予以确定。例如违法行为危害后果严重，处罚比较严厉的行政处罚案件。这类重大、复杂的行政处罚案件，有的当事人会要求举行听证。对于符合听证范围的案件，需要按照听证程序，在作出行政处罚决定之前，举行听证。经过听证，需要进一步调查的，行政机关应当继续调查，查清事实后，再作决定；案件事实已经查清、证据确凿的，可以由行政机关的负责人集体讨论作出行政处罚决定。法律这样规定是表明对重大、复杂行政处罚案件的处理，应当持极为慎重的态度，使行政机关处理重大、复杂行政处罚案件，能够既保障依法行政，又能维护公民、法人或者其他组织的合法权益。