我国有三部门对地理标志进行注册、登记和管理，作用特点略有不同
1、国家农业部（农产品地理标志）国家农业部依据《农业法》对标识农产品来源于特定地域，其品质和相关特征主要取决于自然生态环境和历史人文因素，并以地域名称冠名的特有农产品标志定义为农产品地理标志。根据农业部《农产品地理标志管理办法》规定，农业部负责全国农产品地理标志的登记工作，农业部农产品质量安全中心负责农产品地理标志登记的审查和专家评审工作。因农业部在国家农业管理、国家涉农政策制定等方面的主导作用，在工作过程中对某地域特定产品的特殊品质、产品地域范围的划定、生产过程的监控更为便利，所以在产品登记、质量管理控和政策指导方面更加有力。
2、国家工商总局（中国地理标志）
国家工商总局对某种商品或者服务具有监督能力的组织进行认定并授予，用以证明该商品或者服务的原产地、原料、制造方法、质量或者其他特定品质的标志。因为国家工商总局商标局是根据《中华人民共和国商标法》《中华人民共和国商标法实施条例》的有关规定，通过集体商标或证明商标的形式进行法律注册和管理，因此具有法律地位对于商标保护的维权更加有力。
3、国家质检总局（国家地理标志）
国家质检总局依据知识产权保护的国际标准《与贸易有关的知识产权协议》即"TRIPS"协议（AGREEMENT ON TRADE-RELATED ASPECTS OF INTELLECTUAL PROPERTY RIGHTS）对地理标志的定义为“是指证明某一产品来源于某一成员国或某一地区或该地区内的某一地点的标志”。它是针对具有鲜明地域特色的名、优、特产品所采取的一项特殊的产品原产地证明、产品质量监控和知识产权保护制度，因此对于国际贸易和产品知识产权保护更加有力。